顯微鏡的一些精密組件，如濾色塊、內部光學(xué)元件以及相機等，應由廠(chǎng)家專(zhuān)業(yè)工程師進(jìn)行清潔，用戶(hù)切勿擅自拆解。其他容易變臟的組件可由用戶(hù)自行清潔，這些組件包括：
確定污染位置
在開(kāi)始清潔工作之前，首先應該準確找出污染物的位置。辨認相機上的污垢，只需要旋轉和移動(dòng)相機，觀(guān)察污點(diǎn)位置是否會(huì )隨之改變即可。如果位置改變，那么污垢不在相機上。同理，物鏡上是否存在污染物也可以用這種方法進(jìn)行辨別。
辨認其他組件上是否有污垢，可以在光線(xiàn)明亮的情況下用肉眼進(jìn)行觀(guān)察，如果污垢隨著(zhù)組件的移動(dòng)而移動(dòng)，則污垢在該組件上。辨認較大的灰塵顆粒和光學(xué)元件表面上的劃痕，可以使用放大鏡或通過(guò)相反的孔進(jìn)行觀(guān)察。
各類(lèi)型污染物如何清潔
光學(xué)元件都是精密器件，上面沾染的污染物更是種類(lèi)繁多，常見(jiàn)的就有灰塵、玻璃渣等，還有皮膚分泌的油脂、觀(guān)察過(guò)程中使用的一些液體試劑等難清理的污垢。一般情況下，應當首先清除松動(dòng)的污垢，接著(zhù)清除水溶性污垢，最后清除只能用溶劑清除的污垢。
然而，要在不損壞組件的前提下，清潔顯微鏡，恢復完美的圖像品質(zhì)不是一件容易的事情，在這種情況下，探討清除特定類(lèi)型污染物的最佳途徑就很有必要了。
浮塵處理方法
如果顯微鏡光學(xué)元件上只有浮塵（例如：載玻片玻璃粉塵、顯微鏡的皮膚薄片、衣物纖維、花粉等），最好是用壓縮空氣將其清除，吹氣球就足以產(chǎn)生所需的氣流。這種方法特別溫和，可防止光學(xué)元件損壞。
基本所有清潔都應該從吹氣球開(kāi)始，因為這些浮塵能有一定的硬度，如果在除掉浮塵前直接接觸式清潔，可能倒置鏡片或鏡片上的鍍膜被刮傷，影響光學(xué)品質(zhì)。
水溶性處理方法
清除水溶性污垢的方法操作簡(jiǎn)單并且非常溫和。首先向污染物吹氣，氣息中的水蒸氣可用于清潔，然后用脫脂棉從污垢中心向外打圈以擦拭污垢，對于較大的光學(xué)表面（例如：管鏡片），需要從邊緣到中間，再由中心到邊緣進(jìn)行螺旋運動(dòng)，避免污垢在透鏡上擴散（如圖2）。需要特別注意的是，為避免污垢在透鏡上擴散，嚴禁使用鋸齒運動(dòng)來(lái)清理光學(xué)元件。
圖二：光學(xué)原件處理方法
頑固污垢的處理方法
當清除頑固污垢時(shí)，嚴禁在頑固污垢干燥的情況下將其清除，只可用純溶劑、蒸餾水和潔凈的工具，使用清洗液和合格的醫用棉簽或棉墊，確保它們不含有任何雜質(zhì)，嚴禁使用產(chǎn)生摩擦的材料（例如：紙、超細纖維布等），避免損壞透鏡表面，產(chǎn)生劃痕。同時(shí)，需要避免使用丙酮和含銨溶劑進(jìn)行清潔，以防損害顯微鏡塑料組件以及光學(xué)元件的抗反射涂層，并造成永久性損壞。
鏡油的處理方法
每個(gè)標本觀(guān)察完后，需要取擦鏡紙，使用少量溶劑（例如：酒精、丙酮和二甲苯等）進(jìn)行擦拭，再取新的擦鏡紙將鏡頭上的殘留液體擦凈，最后使用吹氣球去殘留的短絨，這樣才能完全清除鏡油（如圖3）。
有機溶劑大多含有毒性，不利于環(huán)保，使用時(shí)需小心，特別是丙酮，會(huì )和大多數類(lèi)型的塑料、橡膠發(fā)生反應，溶解有機涂層。因此，一般少用丙酮清理顯微鏡，常用的溶劑是酒精和乙醚的混合溶液，酒精：乙醚=3：7。
除此之外，擦鏡紙必須是專(zhuān)門(mén)用于高品質(zhì)光學(xué)鏡頭的，存儲在有蓋容器中，防止空氣中的懸浮粒子污染。
顯微鏡的保管
顯微鏡使用后，應小心除去浸液物鏡上殘留的浸鏡油，最后將顯微鏡存放在干燥的室內，并用防塵罩罩住。
通過(guò)上述方法，可以高效的對顯微鏡進(jìn)行徹底清潔，當然，更重要的是要在日常使用過(guò)程中以及保管期間有意識地避免儀器受到污染，由于顯微鏡的光學(xué)系統和機械系統都是經(jīng)過(guò)精密調整的，因此保管時(shí)也應該注意防震，以保持它固有的高效能，獲得最佳的圖像質(zhì)量。
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